Se mesmo com as atuais desconfianças em torno do TrueCrypt, você ainda quiser usar uma versão completa e otimizada do programa, veja como instalar a versão 7.1a dele no Ubuntu.
Pro padrão, o atual Ubuntu não suporta ícones na bandeja, e o recurso que poderia ser usado por aplicativos para usar a bandeja do sistema, o systray whitelist, foi removido com o Ubuntu 13.04.
