Saiu a versão 0.9 do SyncDrive com o suporte a duas contas. Se você quiser experimentar essa versão, veja aqui como instalar o programa;
Instale o SyncDrive 0.9 no Ubuntu e derivados
sincronizar
BitTorrent Sync vira beta, recebe controle de versoes e um app para Android
Está precisando de uma ferramenta segura para sincronização de arquivos peer-to-peer que funciona no Linux, Windows, Mac OS X e dispositivos NAS. BitTorrent Sync pode ser o que você quer.