Se você tem arquivos no formato Matroska (.mkv), então precisa instalar o MKVToolnix para poder manipular esse tipo de arquivo. Por isso, veja como instalar a última versão do MKVToolNix no LinuxUbuntu, Debian, Fedora e openSUSE.
Foi lançada recentemente a versão 6.8.0 da ferramenta de edição de arquivos Matroska, MKVToolnix. Se você já usa ou quiser experimentar, veja aqui como instalar ela.