Se você tem arquivos no formato Matroska (.mkv), então precisa instalar o MKVToolnix para poder manipular esse tipo de arquivo. Por isso, veja como instalar a última versão do MKVToolNix no Linux Ubuntu, Debian, Fedora e openSUSE.
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Como instalar o MKVToolnix 7.7 no Ubuntu, Debian, Fedora e derivados
Arquivos Matroska: Instalando o MKVToolnix 7.0 no Ubuntu 14.04
Edição de arquivos Matroska: Instale o MKVToolnix 6.8.0 no Ubuntu e derivados
Foi lançada recentemente a versão 6.8.0 da ferramenta de edição de arquivos Matroska, MKVToolnix. Se você já usa ou quiser experimentar, veja aqui como instalar ela.