Se você precisa de uma ferramenta para transformar seus vídeos em diferentes formatos, veja como instalar o conversor multimídia HandBrake no Linux via Flatpak, e resolva o seu problema.

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HandBrake é um dos mais poderosos conversores de vídeo. Se você quiser experimentar ou atualizar o programa, veja como instalar a versão mais recente do HandBrake no Ubuntu e derivados.
Se você quer um conversor de vídeo poderoso para tratar seus arquivos, veja como instalar a versão mais recente do conversor multimídia HandBrake no Linux via Snap.
Depois de um bom tempo desde a última versão 0.9.9, finalmente foi lançado a versão 0.10 Beta1 do vídeo transcoder HandBrake. Se quiser atualizar ou instalar essa versão, veja aqui como fazer isso.