Se você precisa manipular e visualizar moléculas, conheça e veja como instalar o Python Molecular Graphics no Linux via Flatpak.
PyMOL é uma das poucas ferramentas de visualização de código aberto disponíveis para uso em biologia estrutural. A parte Py do nome do software se refere ao fato de que ele se estende e é extensível pela linguagem de programação Python.
PyMOL tem a capacidade de carregar, manipular e visualizar moléculas de uma variedade de formatos e fontes. O programa pode ser facilmente controlado por meio de uma GUI baseada em menu ou de um grande número de comandos e/ou scripts.
Um raytracer integrado está disponível para gerar imagens de alta qualidade das visualizações geradas na parte GL da GUI.
PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) e Freeglut, e pode resolver equações de Poisson-Boltzmann usando o Adaptive Poisson Boltzmann Solver (apbs).
Instale este aplicativo para visualizar, analisar e preparar imagens gráficas de proteínas e dados estruturais experimentais (por exemplo, baseado em cristalografia, RMN e microscopia eletrônica).
Como instalar o Python Molecular Graphics no Linux via Flatpak
Para instalar o Python Molecular Graphics no Linux via Flatpak você precisa ter o suporte a essa tecnologia instalado em seu sistema. Se não tiver, use o tutorial abaixo para instalar:
Como instalar o suporte a Flatpak no Linux
Depois, você pode instalar o Python Molecular Graphics no Linux via Flatpak, fazendo o seguinte:
Passo 1. Abra um terminal;
Passo 2. Use o comando abaixo para instalar o programa via Flatpak. Tenha paciência, pois muitas vezes pode demorar vários minutos para que o Flatpak faça o download de tudo o que precisa;
flatpak install --user https://flathub.org/repo/appstream/org.pymol.PyMOL.flatpakrefPasso 3. Para atualizar o programa, quando uma nova versão estiver disponível, execute o comando:
flatpak --user update org.pymol.PyMOLPronto! Agora, quando quiser iniciar o programa, digite flatpak run org.pymol.PyMOL em um terminal.
Você também pode tentar iniciar o programa no menu Aplicativos/Dash/Atividades ou qualquer outro lançador de aplicativos da sua distro, ou digite pymol ou em um terminal, seguido da tecla TAB.
Como desinstalar
Depois, se for necessário, para desinstalar o Python Molecular Graphics no Linux via Flatpak, faça o seguinte:
Passo 1. Abra um terminal;
Passo 2. Desinstale o programa, usando o seguinte comando no terminal:
flatpak --user uninstall org.pymol.PyMOLOu
flatpak uninstall org.pymol.PyMOL